La Biblioteca Nacional se creó como la primera Biblioteca Pública tras la expulsión de la Orden Religiosa de los Jesuitas del territorio Ecuatoriano con el acervo bibliográfico que fue entregado en 1791, estuvo bajo la dirección del Doctor Francisco Javier Eugenio de Santa Cruz y Espejo. En 1796 se fusionó a la de la Real Universidad Pública de Santo Tomás de Aquino. En tiempos de la Gran Colombia se mantuvo como biblioteca pública a cargo de la Universidad Central de Quito (hoy, Universidad Central del Ecuador), de reciente creación.
El Presidente Vicente Rocafuerte en 1838 en su informe a la Nación menciona a la Biblioteca Pública como Biblioteca Nacional. En 1862, el Presidente Gabriel García Moreno mediante decreto encargó el cuidado de la Biblioteca a los padres jesuitas y a partir del 28 de agosto de 1869 por Decreto Legislativo, la Biblioteca Nacional tiene derecho a un ejemplar de las publicaciones que se realizan en la República.
En 1888, la Academia Ecuatoriana se encargó de la administración y custodia de la Biblioteca Nacional y en 1896 a través de la Ley de Instrucción Pública se establece un importante antecedente de Depósito Legal, debido a que todas las imprentas debían entregar un ejemplar de las publicaciones a la Biblioteca. Desde 1901 la Biblioteca Nacional bajo la administración de la Academia Ecuatoriana de la Lengua se trasladó a los espacios del Colegio San Gabriel.
La Biblioteca atraviesa constantes cambios en cuanto a su lugar de funcionamiento, administración y composición de los Fondos; es así que en 1922 se traslada al Edificio llamado COLISEUM ubicado en la Plaza de San Blas y funciona hasta 1972. En 1944 mediante Decreto Nro. 707 del 9 de agosto se adscribe la Biblioteca Nacional a la Casa de la Cultura Ecuatoriana (CCE); aunque físicamente funcionó en el Edificio del Banco Central.
Mediante Decreto Supremo Nro. 308 en 1971 se anexó al Ministerio de Educación Pública y en 1974 mediante Decreto Supremo Nro. 927 la Biblioteca Nacional pasó a formar parte nuevamente de la Casa de la Cultura Ecuatoriana. En 1983 por una decisión administrativa se integró la colección de la Biblioteca de la Casa de la Cultura Ecuatoriana (Biblioteca Pública) a la Biblioteca Nacional y se trasladó al recién inaugurado Edificio de los Espejos, donde permaneció y dependió administrativa y económicamente de la Casa de la Cultura Ecuatoriana hasta el año 2018.
En el marco de la publicación de la Ley Orgánica de Cultura en diciembre del 2016 y posteriormente a su Reglamento General expedido en agosto del 2017, se establece que la Biblioteca Nacional del Ecuador Eugenio Espejo (BNEE) se transformará en una Entidad Operativa Desconcentrada del Ministerio de Cultura y Patrimonio.
Mediante Convenio de Cooperación Interinstitucional entre el Ministerio de Cultura y Patrimonio y el Gobierno Autónomo Descentralizado del Distrito Metropolitano de Quito, la Biblioteca Nacional del Ecuador Eugenio Espejo con fecha 03 de febrero del 2020, recibe del Instituto Metropolitano de Patrimonio a conformidad los pabellones 1, 2, 3 y la capilla que conforma el inmueble patrimonial denominado “Antiguo Hospital Eugenio Espejo”.
En el primer trimestre del 2020, se llevó a cabo el proceso de movilización definitiva de los fondos bibliográficos, hemerográficos y documentales de la Biblioteca Nacional desde la Biblioteca Pública Casa de la Cultura Ecuatoriana Benjamín Carrión, hasta la nueva edificación asignada para su funcionamiento; dicho proceso culminó en diciembre del 2021.
